機構設置
紀檢監察處、黨委辦公室、組織部、宣傳統戰部、學生工作部、研究生處、招生就業處、醫院管理處、團委、
學院辦公室、教務處、國際交流合作處、人事處、審計處、武裝部、保衛處、科研處、財務處、
基礎醫學院、精神衛生學院、公共衛生學院、醫學技術學院、藥學院、護理學院、病理學院、
口腔醫學院、成人與繼續教育學院、馬克思主義學院、體育教研部、外語教研部、國際教育學院
高教研究與教學質量評估中心、教師發展中心、醫藥科學研究院、實驗設備管理中心、
附屬第一醫院、附屬第二醫院、附屬第三醫院、附屬第四醫院、臨床病理診斷中心、
齊齊哈爾醫學院云醫院、齊齊哈爾醫學院附屬第五醫院（大慶龍南醫院）、齊齊哈爾醫學院附屬第六醫院（齊齊哈爾市第一醫院）、齊齊哈爾醫學院附屬第七醫院（黑龍江省醫院）、齊齊哈爾醫學院附屬第八醫院（大慶市第三醫院）、齊齊哈爾醫學院附屬第九醫院（哈爾濱市第一專科醫院）、齊齊哈爾醫學院附屬第十醫院（大慶油田總醫院）、齊齊哈爾醫學院附屬第十一醫院（黑龍江農墾總局總醫院）、齊齊哈爾醫學院黑河中俄友好醫院（黑河市第一人民醫院）
